Il 1 marzo 2005 il Comune di Roma sancisce l'istituzione del Sistema Musei Civici, del quale fanno parte, oltre ai Musei Capitolini, la Centrale Montemartini, il Museo della Civiltà Romana, il Planetario e il Museo Astronomico, i Mercati e Foro di Traiano, il Museo di Roma, il Museo Napoleonico, il Museo di Roma in Trastevere, il MACRO nelle sue due sedi di Via Reggio Emilia e del Mattatoio, il Museo Canonica, i Musei di Villa Torlonia (Casina delle Civette e Casino dei Principi), il Museo delle Mura e il Museo Barracco di prossima apertura