Nel corso dei secoli i pontefici dovettero intervenire ripetutamente lungo l'intera cinta muraria con restauri e rifacimenti di ampi tratti, generalmente segnalati tramite stemmi o iscrizioni, o con altre trasformazioni connesse a nuove sistemazioni urbanistiche. Tra queste ultime le più rilevanti interessarono le aree del Quirinale e del Laterano, dove furono aperte nelle mura Aureliane due nuove porte, porta Pia e porta San Giovanni.

Porta Pia

Porta Pia venne costruita, dopo la chiusura dell’antica porta Nomentana, per correggere il percorso della via stessa. Il progetto fu affidato a Michelangelo Buonarroti, che realizzò solo il prospetto rivolto verso la città: per la prima volta il fronte interno di una porta cittadina diventava oggetto di qualificazione architettonica. I lavori iniziarono nel 1560 ma alla morte di Pio IV (1565) si interruppero. L’aspetto attuale del monumento si deve a Pio IX che, a seguito della caduta di un fulmine nel 1851, affidò all’architetto Virginio Vespignani la ricostruzione della facciata michelangiolesca. Furono ripristinate tutte le parti murarie, mantenendo la struttura originaria cinquecentesca solo nelle ali di muro laterali. I lavori terminarono nel 1852, quando la parte interna venne affrescata da Silverio Capparoni  con l’immagine della Madonna con Bambino, trasformata in mosaico nel 1936. Vespignani realizzò anche il fronte verso via Nomentana, a un solo fornice con nicchie laterali, che ospitavano le statue di Santa Agnese e Sant’Alessandro realizzate da Enrico Amadori; si definì così la struttura a doppia porta con cortile.

Porta San Giovanni

Costituita da un solo fornice rivestito in travertino,  nella seconda metà del 1500 Porta S. Giovanni sostituì  Porta Asinaria, situata ormai ad una quota troppo bassa rispetto al suolo circostante. Infatti nel 1573 Papa Gregorio XIII Boncompagni incaricò l’architetto Giacomo del Duca, il quale dotò la struttura di un attico riccamente decorato con apposta l’iscrizione celebrativa relativa all’apertura della nuova porta. Sulla chiave dell’arco trova posto la scultura in marmo di una testa moresca, riferimento alla recente vittoria riportata nella battaglia di Lepanto contro l’impero ottomano (1572), il cui calco è conservato all'interno del Museo delle Mura. Caratteristica della Porta è la pianta asimmetrica: il lato che si affaccia sulla Basilica di S. Giovanni ha un andamento più obliquo, ad agevolare il flusso dei pellegrini.