L’ipogeo era a pianta allungata, composto da un'aula principale absidata e da alcuni ambienti secondari: oggi si conserva una piccola porzione trapezoidale che da sola può darci un'idea della bellezza e della singolarità di questo luogo la cui funzione fa ancora discutere gli studiosi.
La parete nord, è articolata in tre archi adiacenti: i due laterali davano accesso l'uno alla scala, l'altro a dei piccoli ambienti oggi perduti. Nell’arco centrale, riccamente decorato con affreschi e mosaici e delimitato da due transenne marmoree, è collocata una profonda vasca rettangolare munita di un sistema di adduzione e deduzione delle acque.
L'ipogeo è datato concordemente alla seconda metà del IV secolo d.C. ma a tutt'oggi nessun elemento decisivo è emerso per spiegarne la reale funzione.
Affascinante l'ipotesi che si potesse trattare di un luogo dedicato alla Dea tracia Cotys venerata dalla setta misterica dei Baptai, o, vista la pianta absidata dell'edificio, la presenza della vasca e l'interpretazione in chiave simbolica e biblica delle pitture, di un antico battistero. Altre tesi vorrebbero questo edificio un tempio legato al culto delle acque, un'area nascosta destinata a pratiche magiche, oppure data la coesistenza di influssi diversi, un luogo di riunione per una setta sincretistica. In ultimo sembrerebbe trattarsi di un semplice ninfeo costruito in relazione ad una sorgente d'acqua sotterranea che oltre a condizionare l'architettura e la profondità dell'edificio è anche il tema centrale della decorazione musiva e pittorica. Si spiegherebbe così la coesistenza di elementi pagani e cristiani che troviamo in questo edificio e che ben si inserisce culturalmente nella seconda metà del IV secolo d.C., particolare periodo storico caratterizzato da una lenta ma profonda trasformazione del mondo romano.