Al VI miglio della via Campana / Portuense, lungo la sponda destra del Tevere, sorgeva in epoca molto antica un santuario pagano dedicato al culto della Dea Dia, al quale era preposto il collegio sacerdotale dei Fratres Arvales.

Sulla collina sovrastante, denominata in età moderna Monte delle Piche, fu impiantata in origine una cava di pozzolana; tra la fine del III secolo d.C. e l'inizio del IV le gallerie della cava, ormai abbandonate, furono scelte da una piccola comunità cristiana come luogo di sepoltura.

Nella catacomba furono sepolti i martiri Simplicio, Faustino e Beatrice. Si apprende da una Passio dell'VIII secolo che i fratelli Simplicio e Faustino, martirizzati sotto il regno di Diocleziano (284 - 305 d.C.), furono gettati nel Tevere da un pons lapideus e i loro corpi, trascinati dalla corrente, furono raccolti tra i rovi dalla sorella Beatrice, che li seppellì in una cava di proprietà di una matrona romana di nome Generosa. Poco tempo dopo la stessa Beatrice subì il martirio e fu deposta accanto ai fratelli dalla matrona Lucina, presso la quale si era rifugiata.

Intorno alle tombe dei martiri si sviluppò il cimitero, ricordato nelle fonti come ad sextum Philippi o super Philippi dal nome della località, oppure come cimitero di Generosa dal nome della proprietaria del terreno.

Successivamente papa Damaso (366 - 384 d.C.) fece edificare all’interno del cimitero una basilica semipogea, rinvenuta casualmente e parzialmente messa in luce nel 1868 da Giovan Battista De Rossi. Durante gli scavi venne alla luce nei pressi dell'abside un frammento marmoreo appartenente all'epistilio della basilica, sul quale era incisa la dedica ai martiri.

Le indagini archeologiche, completate negli anni '80, hanno messo in luce un edificio con orientamento nord-sud, addossato su tre lati al banco di tufo della collina e accessibile dall’esterno solo da ovest. La basilica, lunga m 20 x 14 ca. di larghezza, è divisa in tre navate di diversa ampiezza e presenta a sud una sorta di nartece; l’abside ha profilo irregolare ed è decentrata rispetto all'asse longitudinale dell’edificio, che risulta così leggermente obliquo per adattarsi al sepolcro dei martiri già esistente all’interno della catacomba. A destra dell'abside una porta, l' introitus ad martyres, immetteva all'interno della galleria principale, consentendo ai fedeli di visitare la tomba dei martiri.

La basilica ebbe destinazione funeraria fino ai primi decenni del VI secolo; sotto il piano di calpestio, infatti, sono state rinvenute numerose tombe a fossa, scavate direttamente nell'argilla, in alcuni casi coperte da tegole disposte in piano o “a cappuccina”. Alcune sepolture poste in prossimità dell'abside erano costruite in muratura e chiuse da lastre marmoree, che fungevano da pavimento della chiesa stessa.

Il luogo di culto fu abbandonato tra la fine del VI secolo e l’inizio del successivo; la catacomba fu frequentata almeno fino al 682 d. C., anno della traslazione delle reliquie dei martiri nella basilica di Santa Bibiana.